农产品增值税抵扣涉及复杂政策与操作细节，企业需精准掌握不同场景下的扣除率、凭证要求及核算规则。本文梳理关键政策要点与合规建议，助力纳税人合法降本增效、规避税务风险。

能够抵扣的农产品增值税专用发票

从一般纳税人处取得：若用于初加工（适用税率9%），以发票上注明的增值税额为进项税额；若用于深加工为适用13% 税率的货物，在领用当期可加计扣除1%，即按照10%的扣除率计算进项税额。

例如，A食品厂从一般纳税人处购进玉米用于生产玉米汁（适用税率13%），取得增值税专用发票，票面金额1000元，税率9%，增值税税额90元，当月全部领用，则可抵扣的进项税额为90+1000×1%=100元。

从小规模纳税人处取得：取得按3% 征收率开具的增值税专用发票，用于9% 税率货物按9% 计算抵扣，用于13% 税率货物按10% 计算抵扣；取得按1% 征收率开具的增值税专用发票，只能按 1% 抵扣。

如B企业从小规模纳税人处收购大豆用于生产豆奶（适用税率13%），取得增值税专用发票，票面金额1000元，征收率3%，税额30元，可抵扣的进项税额为1000×9%+1000×1%=100元。

海关进口增值税专用缴款书：按票面税额抵扣，进口农产品用于生产13% 税率货物，在生产领用环节可加计扣除1%。

例如，C企业进口一批黄桃，取得9%的海关进口增值税专用缴款书，注明金额10万元，税额0.9万元，若生产领用50% 的进口黄桃，可抵扣的进项税额为100000×50%×9%+100000×50%×（9%+1%）=9500 元。

农产品收购发票和销售发票：农业生产者销售自产农产品适用免征增值税政策而开具的销售发票，以及收购单位向农业生产者个人收购自产免税农产品时开具的收购发票，均以发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额。

若纳税人购进用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额。

比如，D企业从农民处收购一批小麦，开具的农产品收购发票上注明买价10万元，当月全部领用，若研磨为小麦粉（适用税率9%）出售，可抵扣的进项税额为100000×9%=9000元；若深加工为麦片（适用税率13%）出售，可抵扣进项税额为100000×9%+100000×1%=10000元。

取得的农产品普通发票

从农业生产者处取得销售发票：农业生产者销售自产农产品适用免征增值税政策而开具的普通发票，纳税人以发票上注明的农产品买价和9% 的扣除率计算进项税额。

若纳税人购进用于生产或者委托加工13% 税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额，即加计扣除1%。

例如，E企业从农民处收购一批水果，开具的农产品收购发票上注明买价5万元，当月全部领用用于生产水果罐头（适用税率13%）。那么甲企业可以抵扣的进项税额为50000×9%+50000×1%=5000元。

从小规模纳税人处取得普通发票：从按照简易计税方法依照3% 征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得的增值税普通发票，不得作为计算抵扣进项税额的凭证。但如果小规模纳税人开具的是按3% 征收率的增值税专用发票，用于9% 税率货物按9% 计算抵扣，用于13% 税率货物按10% 计算抵扣；取得按1% 征收率开具的增值税专用发票，只能按1% 抵扣。

从批发、零售环节取得普通发票：纳税人从批发、零售环节购进适用免征增值税政策的蔬菜、部分鲜活肉蛋而取得的普通发票，不得作为计算抵扣进项税额的凭证。

注意事项

从批发、零售环节购进适用免征增值税政策的蔬菜、部分鲜活肉蛋而取得的普通发票，不得作为计算抵扣进项税额的凭证。

购进农产品既用于生产销售或委托加工13%税率货物又用于生产销售其他货物服务的，应当分别核算用于生产销售或委托受托加工13%税率货物和其他货物服务的农产品进项税额。未分别核算的，统一以增值税专用发票上注明的增值税额为进项税额，或以农产品收购发票或销售发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额。

在税务数字账号中勾选取得的农产品发票

1.如取得电子发票服务平台开具的自产农产品销售发票（数电票）或农产品收购发票，可直接在【抵扣类勾选】模块进行勾选。 操作步骤：依次选择【新电子税局】-【热门服务】-【税务数字账户】-【发票勾选确认】-【抵扣类勾选】，点击【抵扣勾选】-【发票】模块选择对应发票。

2.如取得增值税发票管理系统开具的自产农产品销售发票（税控票），则需要先进行【待处理农产品发票】预处理，再进行抵扣勾选。

操作步骤：依次选择【新电子税局】-【热门服务】-【税务数字账户】-【发票勾选确认】-【抵扣类勾选】，点击【待处理农产品发票】-【自产农产品销售发票】，根据实际情况选择正确“类型”并完成提交后即可返回勾选。

3.如取得税务机关代开的农产品销售发票，且系统未自动归集到【抵扣勾选】或【待处理农产品发票】模块时，需先进行补录操作，再进行勾选。

操作步骤：依次选择【新电子税局】-【热门服务】-【税务数字账户】-【发票勾选确认】-【抵扣类勾选】-【抵扣勾选】-【发票】，点击【代开农产品发票录入】，录入相应的“发票代码”、“发票号码”提交验证，完成后即可返回勾选。

注意事项：购进自产农产品如用于继续销售且仍然享受免税的，或者用于非生产经营相关的，则对应发票不得勾选抵扣增值税税额。

农产品发票抵扣的合规性

1.发票取得方面

审核发票来源及真实性：

销售方身份核实：确认销售方是否为真正的农业生产者，可要求其提供身份证明、土地承包合同、养殖记录等资料，以核实农产品自产情况。对于企业或合作社，要核实其经营范围和生产能力是否与销售的农产品相符。

发票真实性查验：通过国家税务总局的发票查验平台或相关地区的税务网站，对取得的农产品发票进行真伪查验，确保发票是由合法的税务机关监制且真实有效。

确保发票开具规范：仔细审核发票信息，包括销售方和购买方的名称、纳税人识别号、地址、电话等，以及农产品的名称、规格、数量、单价、金额等，必须填写完整准确。对于不符合规定的发票，应及时要求销售方重新开具。

2.进项税额核算方面

准确划分用途：分别核算用于生产不同税率货物、免税项目、集体福利等不同用途的农产品进项税额。若无法划分，需按照规定公式计算不得抵扣的进项税额并转出。

正确计算抵扣税额：根据购进农产品取得的发票类型和用途，准确计算进项税额。

3.业务流程方面

建立完善的收购台账：详细记录农产品的收购日期、收购对象、品种、数量、单价、金额等信息，以及运输、仓储等相关环节的情况，以便税务机关核查。

规范资金支付：尽量通过银行或农村信用社等金融机构支付农产品货款，减少现金支付。对于采用现金方式结算且支付数额较大的，应作为重点评估对象，严格审核，防止发生虚假收购行为。

保留相关证明材料：如农产品的采购合同、运输单据、出入库记录、检验检疫证明等，这些材料可以作为农产品交易真实性的辅助证明，在税务机关检查时能够提供有力的证据。

4.政策学习与内部管理方面

及时了解政策变化：关注国家和地方税务部门发布的关于农产品发票抵扣的政策法规，及时掌握扣除率调整、发票开具规定等方面的变化，确保企业的抵扣行为符合最新政策要求。

加强内部培训与沟通：对企业的财务人员、采购人员等相关人员进行农产品发票抵扣政策的培训，使其熟悉发票取得、核算、申报等环节的要求。同时，建立内部沟通机制，确保各部门之间能够及时传递相关信息，协同做好发票抵扣的合规工作。

定期开展自查自纠：企业应定期对农产品发票抵扣情况进行自查，检查发票的取得、使用、核算等方面是否存在问题，及时发现并纠正不合规的行为，避免税务风险。

END